1949年4月30日晨，即在南京解放后的第八天，作為中共南京市委機關報，以新華社社論《慶祝南京解放》為發刊詞的《新華日報》在南京出版。
1949年4月30日南京《新華日報》創刊號
1949年4月23日，南京解放，中共中央華東局致電中共中央，請示上海、南京兩市解放后的黨報命名問題。中共中央于24日電復華東局：“梗電悉。上海黨報決命名為解放日報，南京黨報決命名為新華日報。毛主席已允寫報頭，即可帶來，在帶到前可暫沿用舊報頭。”當日下午，周恩來在北京與即將南下工作的一批文化界知名人士的談話和宴會上，同時宣布了上述決定，并代表黨中央任命石西民為南京新華日報社長。
中共中央致電華東局電文
《新華日報》在南京恢復出版，可以說這是中共中央的安排，也是周恩來的夙愿。早在1937年8月，周恩來等人就著手在南京籌辦《新華日報》。由于國民黨政府拖延以及日寇逼近南京，《新華日報》在南京已無開辦的可能，籌備人員不得不撤離南京。1945年日本投降后，國民黨政府還都南京。周恩來根據中共中央的指示，決定將新華日報總館遷往上海，并計劃出版 《新華日報·南京版(晚刊)》。這次出版計劃也未能如愿，一是因為國民黨政府始終拒絕發放出版登記許可證；二是國共和談破裂，國民黨發動了對解放區的全面進攻，石西民等籌辦人員不得以撤回延安。
1946年國共和談期間，石西民居住在南京中山路360號的個人戶口卡
1949年4月23日，南京解放，石西民奉命從北京南下，重返舊地，主持《新華日報》在南京的恢復出版工作。石西民一行于26日抵達南京。27日上午，石西民代表市軍管會，接管了位于中山路39號的原國民黨中央日報社舊址，在此籌辦南京《新華日報》。29日，奉命參與辦報工作的各路人馬，分兩批在中山路39號大院內集中。根據石西民的要求，報社工作人員統一身著軍裝，佩戴中國人民解放軍的胸章和軍管會的臂章，按照分工進入各自工作崗位，投入籌備工作。
南京《新華日報》創辦初期工作人員證章
參與恢復出版南京《新華日報》的人員包括：中共中央在合肥組建的以宋任窮為首的“金陵接管支隊”中的辦報人員、來自南京地下黨文委的部分人員、從冀魯蘇皖解放區南下的部分新聞工作者、南京各進步報刊社的有關人員等，約250余人。其中，打入《中央日報》社的地下黨員，在《新華日報》恢復出版前，于4月26日至29日出版了4期南京地下黨市委機關報《解放新聞》。石西民代表市軍管會接管《中央日報》后，《解放新聞》的工作人員全部加入《新華日報》。
初辦時期的報社領導人：社長石西民、副社長陳陣；各部門負責人：編輯部主任肖波、副主任李廉、姚北樺；采通部主任李力眾；資料室主任李廉(兼)；經理部經理史納；印刷廠廠長李玉山、第二印刷廠廠長李震。
1949年5月，鄧小平、宋任窮等領導同志曾先后到新華日報視察工作，并看望、慰問編輯部夜班同志。小平同志指示報社領導，要關心夜班同志健康，并親自批準增加夜班伙食費。報社同志對此深受鼓舞。
《新華日報》這張曾在國內外產生廣泛影響的報紙，在南京解放后的第八天就正式恢復出版。《新華日報》在南京出版后，堅決貫徹中共中央和市政府在各個時期的工作重心，準確、及時報道了中央和地方的各項政策、法令，引導動員廣大市民積極投身改造舊南京、建設新南京發揮了重要作用，得到了市委的肯定。與此同時，報社還在調整充實工作人員、健全內部機制；接管敵方新聞機構、創辦人民媒體；協調嚴謹報風等方面，做了許多卓有成效的工作。
1950年，新華日報夜班編輯室的同志在馬蹄桌周圍辦公
1949年9月，中共中央主席毛澤東第一次親筆為《新華日報》題寫報名，并于1949年9月17日正式啟用。之后，毛澤東又分別在1953年2月和1964年7月兩度為《新華日報》題寫報頭。
1949年9月，毛澤東首次為《新華日報》題寫的報頭
1950年4月，為紀念《新華日報》在南京出版一周年，周恩來總理特地從北京寄來親筆題詞：“在人民勝利的南京，出版新華日報一周年，今后應更好地為人民服務。”《新華日報》在1950年4月30日一版顯著位置發表。
1950年4月30日，周恩來為《新華日報》出版一周年題詞
1950年4月30日，時任中共南京市委書記的粟裕在給《新華日報》的題詞中強調:“老老實實地反映人民的意見，詳盡地向人民解釋政策，以發動和團結廣大人民，增強人民力量。”《新華日報》在當日頭版發表。
1950年4月30日，粟裕為《新華日報》出版一周年題詞
1950年，南京新華日報出版一周年紀念全體人員簽名
1950年，南京新華日報出版一周年紀念全體同志合影
1952年，蘇南行政區、蘇北行政區、南京市合并成立江蘇省，相應的，《蘇南日報》、《蘇北日報》、《新華日報》合并成立江蘇省委機關報，使用《新華日報》報名。
